复旦大学生物医学工程研究始于1972年，是国内起步最早的单位之一。方祖祥教授1972年开始心脏起搏器研制，王威琪院士1975年开始电磁血液流量计研制，赵梓光教授1976年研制了20阵元B超、王威琪院士研制了60阵元B超，这些都是中国生物医学工程历史上的开创性工作。王威琪院士获国家科技进步二等奖及世界医学超声联合会和美国超声医学会共同颁发的超声医学Pioneer奖、方祖祥教授获第14届日内瓦国际发明博览会铜奖和1987年南斯拉夫萨格拉布国际发明金奖。近5年来，生物医学工程系获得教育部科技进步二等奖、上海市自然科学二等奖及三等奖、工博会高校展区特等奖及一等奖、日内瓦国际发明博览会金奖及银奖及上海市优秀发明选拔赛金奖等20多项。

复旦大学2001年起恢复招收生物医学工程本科生；1996年获准成立生物医学工程硕士点，2000年获准成立生物医学工程一级学科博士授予点；2003年获批建立生物医学工程博士后流动站，建立起从本科到硕士点、博士点、博士后流动站的完整人才培养体系。是上海市重点学科、上海市高校一流学科(B类)，也是复旦双一流建设学科“生物医学工程与精准医疗技术”、“专用集成电路与系统”国家重点实验室的重要组成部分。主要研究方向包括：医学影像与人工智能、医学信号处理与智慧医疗超声、电生理智能诊疗方法和系统、传感系统与智慧医疗。系近5年承担包括国家杰青项目、国家重大科研仪器研制项目、基金委重点项目、政府间国际合作项目、科技部重点研发计划在内的各类国家级项目近30项（2668万元）以及省部级和企业合作项目20余项（1429万元）。

生物医学工程系在培养学生的专业素养和科研能力的同时，精心设计课程的思政内容。汪源源教授获得上海市教学成果一等奖和上海市高校精品课程；他得安教授的课程入选上海高校课程思政领航计划-精品改革领航课程。本专业大部分毕业生以其深厚的知识素养、出色的实践能力和积极的创新精神，受到用人单位的广泛赞誉。

中国整合医学研究院2018年4月在西安成立，同时举行了领导此研究院的理事会第一次会议。中国工程院院长为理事长，复旦大学王威琪院士、周良辅院士为理事（理事共12名）。鉴于复旦大学及其附属医院在我国生物医学工程界、医学界享有威望，王威琪、周良辅院士联合向中国整合医学研究院理事会通报了复旦大学信息学院生物医学工程学科担负中国整合医学的工程咨询任务。2018年5月成立整合医学的工程咨询实验室，实验室主任：王威琪/秘书周国輝。实验室秘书：邬小玫。实验室成员：周良辅院士、葛均波院士、樊嘉院士、陈芬儿院士、毛颖、汪源源、他得安等教授。